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A epidemia de VIH no Paquistao caracteriza-se por uma elevada prevalência de UDI e de trabalhadores do sexo masculinos e transexuais, mas uma prevalência muito baixa de mulheres trabalhadoras do sexo. A maioria das mulheres adquiriu o VIH dos seus maridos. Dos 556 refugiados afegaos, 5,9% eram seropositivos, 36,8% portadores de VHC e 9,17% portadores de VHB. De 396 MTSW, 11,6% eram seropositivos, 20,7% HCV e 7,6% eram HBV positivos. Entre os 28 seropositivos afegaos, 17 eram do subtipo A1, 05 estavam alinhados com o CRF 01_AE (CRF 01_AU) e 06 com o 02_AG. Dos 33 VIH do MTSW, 21 eram do subtipo A1, 02 eram G e 10 eram CRF 01_AE. Todas as estirpes do subtipo A1 e CRF 01_AE apresentam uma homologia muito próxima (efeito fundador). O presente estudo registou, pela primeira vez, os subtipos G, a forma recombinante circulante (CRF) 01_AE e a CRF 02_AG. Os outros VIH eram do subtipo A 62%, CRF 01_AE 25%, CRF 02_AG 10% e subtipo G 3%. Contrariamente à opiniao anterior de que o VIH no Paquistao era uma epidemia monofilética trazida por trabalhadores expatriados que regressavam dos Estados do Golfo, a deteçao de vários subtipos provou que a epidemia de VIH no Paquistao é um evento polifilético e que os VIH de diferentes partes do mundo estiveram envolvidos na rápida propagaçao do VIH, no amplo espetro clínico e na resposta altamente variável à TAR.